6月29日，欧盟各国领导人就难民问题达成协议。德国总理默克尔宣称，已和欧盟中的14个成员国达成遣送难民的新协议，以管制大量涌入欧洲的难民，但被点名的匈牙利、捷克和波兰否认，让默克尔声威受损。此外，德国内政部长和基社盟主席请求辞职，使默克尔面临“内忧外患”的局面。

欧盟多国反对接收难民建议并拒绝建立难民收容中心

据默克尔写给其执政联盟友党社民党和基督教社会联盟(基社盟)党主席的信，匈牙利、捷克、波兰、比利时、丹麦、爱沙尼亚、芬兰、法国、立陶宛、拉脱维亚、卢森堡、荷兰、葡萄牙和瑞典，都同意接收曾在它们那里登记过而遭德国遣返的难民。但匈牙利、捷克和波兰强烈反对接收这些难民的建议，并指德国没有告知他们此事。

据报道，捷克总理巴比什说：“我不会签署这个协议，德国和捷克根本没有针对此事协商过。”匈牙利总理欧尔班的发言人哈瓦斯强调，该国的立场不变，即不接收任何入境过其他欧盟国家的难民。而波兰外交部发言人隆帕特则说，波兰未与德国达成任何协议。“针对从欧盟国家接收寻求庇护者方面，没有任何新的协议。”

同时，当地时间6月28日、29日晚，欧盟各国在峰会上决定审查在欧盟外迅速建立收容中心的可能性。这些收容中心将面向那些在地中海上被营救的难民。北非国家以及想申请入盟的阿尔巴尼亚都在建立此类“地区登陆平台”的考虑之列。但阿尔巴尼亚、摩洛哥、突尼斯和阿尔及利亚都对这样的想法表示拒绝。

此外，埃及议会议长阿里表示，埃及拒绝欧盟在该国建立难民收容中心。他说，这样的计划违反埃及法规和宪法，合法登记的难民可以在埃及任何地方逗留，不能强迫他们呆在某个设施里。阿里还表示，埃及现行法律不允许遣返那些在欧盟没有获得避难权的移民。作为议长，阿里的权力仅次于总统塞西。

德国内政部长和基社盟主席请求辞职

德国内政部长和基社盟主席泽霍费尔请求辞去职务。此前，两人就和默克尔在难民政策上出现严重分歧，还曾宣称如果双方无法一致，基社盟将“单独行动”，甚至考虑退出联盟。

近几周，与社民党一起组成德国联合政府的基民盟和基社盟联盟因移民政策议题爆发严重冲突。泽霍费尔拟定了“移民总体规划”，但其未得到基民盟领导人默克尔的支持。该文件禁止没有身份证件的难民以及之前被拒绝在德国境内给予避难的难民入境德国。

据制定者的计划，该举措应予以单方面执行，无需欧洲邻国同意。而默克尔主张移民问题的泛欧解决方案并认为基社盟领导人的提议与给予避难的欧洲准则以及德国法律相矛盾。

默克尔因德国对难民持开放态度的政策而面对执政联盟友党的压力，有分析称，若无法达成解决难民问题的新方案，其领导的大联合政府可能倒台，她也将被迫下台。